Hra začíná na lodi Endurance v oblasti zvané Dračí trojúhelník, kde hráč vše vnímá pohledem Lary Croft.. V bouři se loď přepůlí a hrozí ztroskotání. Lara Croft se dostane na palubu, avšak nedrží se skupiny jejích přátel a padá do moře. Když se dostane na pláž ostrova, neznámý člověk ji omráčí. Lara se následně probouzí až v podzemní svatyni, kde místní obyvatelé uctívají bohyni mrtvými lidmi. Když se hráči podaří vyprostit se z vězení, dalším úkolem je nalezení přátel.

 

Později se Lara sice setká s přítelkyní Sam, ta je ale odvlečena ostrovanem Mathiasem na neznámé místo. Když se Laře podaří vypátrat zbytek skupiny, rozeběhne se po Sam pátrání, při kterém se skupina přátel rozdělí. Laru společně s doktorem Whitmanem unesou neznámí Rusové a Laře se znovu musí podařit utéct. Postupně rozplétá složitý život na ostrově a přichází na to, kdo je ona bájná bohyně Himiko a proč se z ostrova nelze dostat pryč. Po zničení Himiko a zachránění Sam ale končí příběh otevřeně a to rozhodnutím Lary zůstat na ostrově. Zde má začít i další díl série Tomb Raider pod názvem Rise of the Tomb Raider.